ARiMR przeprowadziła w 2012 roku kontrole w zakresie wzajemnej zgodności u rolników ubiegających się o przyznanie jednolitej płatności obszarowej, oddzielnej płatności z tytułu owoców i warzyw (płatność do pomidorów), płatności do krów i owiec, specjalnej płatności obszarowej do powierzchni upraw roślin strączkowych i motylkowatych drobnonasiennych, płatności cukrowej, płatności do surowca tytoniowego (płatność do tytoniu), oddzielnej płatności do owoców miękkich oraz płatności w ramach niektórych działań PROW 2007-2013: płatności rolnośrodowiskowej, pomocy na zalesianie gruntów rolnych, pomocy finansowej z tytułu gospodarowania na obszarach górskich i innych obszarach o niekorzystnych warunkach gospodarowania (ONW).