W związku z wystąpieniem Zarządu Krajowej Rady Izb Rolniczych w dniu 27 września 2016 r. z wnioskiem do Ministra Finansów w sprawie wezwań wysyłanych przez Urzędy Kontroli Skarbowej do producentów mleka odnośnie rozliczenia się ze sprzedaży kwot mlecznych i osiągnięcia dodatkowych dochodów z tej transakcji, Zarząd KRIR uważa, że urzędy państwowe, w tym UKS-y nie mają prawa kwestionować umów cywilno-prawnych zawartych między rolnikami na sprzedaż-kupno kwot mlecznych. UKS-y żądają od rolników potwierdzenia cen obowiązujących na kwoty mleczne w latach 2011-2014. Natomiast zarówno Agencja Rynku Rolnego jak i inne instytucje nie prowadziły ewidencji cen kwot mlecznych funkcjonujących na rynku. W związku z ww. wnioskiem Ministerstwo Finansów w piśmie z dnia 27 października 2016 r. poinformowało, że:
"Przepisy ustawy z dnia 28 września 1991 r. o kontroli skarbowej (Dz. U. z 2016 r., poz. 720 z późn. zm.) nakładają na organy kontroli skarbowej obowiązek ochrony interesów i praw majątkowych Skarbu Państwa oraz zapewnienie skuteczności wykonywania zobowiązań podatkowych i innych należności stanowiących dochód budżetu państwa lub państwowych funduszy celowych, o czym stanowi art. 1 ust 1 tej ustawy. Wyznaczone przez ustawę o kontroli skarbowej cele organy kontroli skarbowej realizują m.in. poprzez kontrolę rzetelności deklarowanych podstaw opodatkowania oraz prawidłowości obliczania i wpłacania podatków stanowiących dochód budżetu państwa.
Zagadnienia związane z sprzedażą przez producentów mleka kwot mlecznych badane są przez organy kontroli skarbowej w oparciu o obowiązujące przepisy prawa, a każda z tych spraw podlega indywidualnej analizie i ocenie. Z posiadanych przez Ministerstwo Finansów informacji wynika, iż zagadnienia te nie są jednak przedmiotem ukierunkowanych lub też skoordynowanych działań ze strony organów kontroli skarbowej.
W kontekście przedłożonych powyżej wyjaśnień, Departament Kontroli Skarbowej uprzejmie informuje, iż zarówno Minister Finansów, jak i Generalny Inspektor Kontroli Skarbowej nie posiadają uprawnień umożliwiających ingerencję w postępowania kontrolne prowadzone przez dyrektorów urzędów kontroli skarbowej. Dyrektor urzędu kontroli skarbowej prowadzi bowiem samodzielnie postępowanie kontrolne i jako organ kontroli skarbowej (art. 8 ust. 1 pkt 3 ustawy o kontroli skarbowej), w ramach obowiązującego prawa, decyduje w-kwestiach dotyczących sposobu jego prowadzenia, gromadzenia materiału dowodowego oraz rozstrzygania spraw dotyczących stosowania przepisów prawa. Zgodnie natomiast z art. 121 § 2 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2015 r. poz. 613 z późn. zm.), stosowanym w związku z art. 31 ustawy o kontroli skarbowej, organy kontroli skarbowej w postępowaniu kontrolnym obowiązane są udzielać niezbędnych informacji i wyjaśnień o przepisach prawa podatkowego pozostających w związku z przedmiotem tego postępowania.
W przypadku wydania decyzji, prawidłowość rozstrzygnięć organów kontroli skarbowej podlegać może ocenie organu podatkowego drugiej instancji oraz kontroli sądów administracyjnych. Podkreślić również należy, iż ingerencja w postępowania kontrolne, w odniesieniu do konkretnego stanu faktycznego, naruszałaby zasadę dwuinstancyjności postępowania podatkowego, o której jest mowa w art. 127 ustawy Ordynacja podatkowa."
