Celem programu jest uwolnienie terytorium Rzeczpospolitej Polskiej od choroby Aujeszkyego u świń. Cel ten w odniesieniu do poszczególnych powiatów, a następnie województw może zostać osiągnięty w terminie wcześniejszym. W takim przypadku dany region zostanie uznany za urzędowo wolny od choroby Aujeszkyego u świń stosownym aktem prawnym. W dniu zakończenia programu wszystkie województwa realizujące Program zwalczania choroby Aujeszkyego u świń powinny zostać uznane za urzędowo wolne od tej jednostki chorobowej.
W pierwszym etapie realizacji Programu zostanie przeprowadzone próbobranie we wszystkich stadach świń na obszarze Rzeczpospolitej Polskiej. W wyniku przeprowadzonego badania zostanie określona liczba stad świń zakażonych wirusem choroby Aujeszkyego. Przeprowadzone zostaną także badania próbek krwi pozyskanej od dzików do badań kontrolnych w kierunku klasycznego pomoru świń u dzików. Będzie to pierwsze próbobranie, które pozwoli na ocenę stopnia zapowietrzenia powiatów w poszczególnych województwach, a co za tym idzie na określenie liczby stad, w których będą prowadzone szczepienia świń przeciwko chorobie Aujeszkyego. W drugim etapie zostanie przeprowadzone drugie próbobranie w stadach uznanych za potencjalnie wolne od wirusa choroby Aujeszkyego u świń (PW) oraz zostaną rozpoczęte szczepienia w stadach świń zakażonych wirusem choroby Aujeszkyego (Z) i w stadach na obszarze zapowietrzonym (OZ). Do czynności związanych z realizacją Programu zwalczania choroby Aujeszkyego u świń na terytorium Rzeczpospolitej Polskiej, powiatowi lekarze weterynarii mogą wyznaczyć lekarzy weterynarii nie będących pracownikami Inspekcji, zgodnie z art. 16 ustawy o Inspekcji Weterynaryjnej z dnia 29 stycznia 2004 r. (Dz. U. Nr 33, poz. 287, z późn. zm.).