W związku z uruchomieniem „Ogólnopolskiego programu regeneracji środowiskowej gleb poprzez ich wapnowanie” Zarząd KRIR przekazał Ministrowi Rolnictwa i Rozwoju Wsi następujące pytania odnoszące się do szczegółowych zasad tego programu:

Z ogólnie dostępnych informacji, jak również ustnych rozmów z pracownikami MRiRW, na które powołują się pytający, wynika, że faktury za wapno nawozowe powinny być wystawiane w dotychczasowy sposób. Obecnie rolnicy kupują wapno nawozowe od producentów i dystrybutorów w cenie obejmującej 8  % stawki podatku VAT.  W cenę wliczony jest transport nawozu do gospodarstwa. Taki sposób postępowania potwierdziła Krajowa Informacja Skarbowa stwierdzając, że „w przypadku, gdy podatnik dokonuje dostawy towaru, której elementem (kosztem dodatkowym) jest usługa transportu, która to usługa nie jest przedmiotem oddzielnej transakcji, to koszt tej usługi wlicza się do podstawy opodatkowania dostawy. Całość transakcji podlega opodatkowaniu stawką podatku VAT właściwą dla towaru. Natomiast, jeśli przedmiotem świadczenia są odrębne czynności, wówczas każdą z nich należy opodatkować odrębnie według zasad dla nich obowiązujących.”

Niektóre stacje chemiczno-rolnicze, żądają od rolników przedstawiania faktur, na których wyodrębniony jest koszt transportu, twierdząc, że kosztem kwalifikowanym programu jest koszt wapna nawozowego, a koszt transportu powinien być zapłacony przez rolnika. Konsekwencją takiego podejścia jest, konieczność płacenia wyższej stawki VAT, którego rolnicy nie będący „watowcami” nie będą mogli odzyskać i utrudnienie w rozliczaniu, co zniechęci mniejszych rolników do korzystania z programu.

Zarząd KRIR zwrócił się do MRiRW o przedstawienie jasnej interpretacji, czy rolnicy składający wnioski o wsparcie  wapnowania regeneracyjnego gleb z załączonymi fakturami wystawionymi w dotychczasowy sposób, zawierającymi w cenie nawóz wapniowy łącznie z transportem otrzymają dotację w łącznej wysokości z „Ogólnopolskiego programu regeneracji środowiskowej gleb poprzez ich wapnowanie”.