Najistotniejsze jednakże z punktu widzenia rolnictwa są kwestie określone w Rozdziale II (art. 6-8) ustalające strategię terenów priorytetowych w celu polepszenia ochrony gleby. Zgodnie z projektem dyrektywy państwa członkowskie zobowiązane zostaną do:
- określenia i opisania poziomów erozji gleby, kompresji, utraty materii organicznej, zakwaszenia, zasolenia i osuwania się gleb na swoich terytoriach;
- określenia terenów priorytetowych dla każdego zagrożenia degradacją, które przekracza ustalone dopuszczalne poziomy ryzyka;
- ustalenia celów redukcji ryzyka i wdrożenia programów działań dla każdego terenu priorytetowego i dla każdego zagrożenia.
Implementacja tych wymogów będzie wymagała intensywnej pracy przy zbieraniu koniecznych danych w celu dokonania oceny i określenia terenów priorytetowych. Programy działań dla każdego terenu i zagrożenia będą musiały określić narzędzia do osiągnięcia planowanej redukcji ryzyka. Następnie Komisja oceni, czy państwa członkowskie odpowiednio określiły tereny, ustaliły wystarczające ambitne cele walki z degradacją i wdrożyły programy działań w celu ich osiągnięcia. Komisja mogłaby zmienić kryteria wyboru terenów dla każdego zagrożenia w każdej chwili poprzez procedurę komitologii. Rolnicy na tych priorytetowych terenach prawdopodobnie będą musieli podjąć działania w celu dostosowania swojej działalności rolniczej i innej do zapobiegania lub minimalizowania odpowiedniego zagrożenia degradacją gleby oraz zagwarantować osiąganie celów odpowiedniej redukcji ryzyka. Na terenach priorytetowych mogą być wymagane dodatkowe inspekcje. Działania będą wykraczały poza działania rolników poza tymi terenami. Prawdopodobnie większość rolników znajdzie się na jednym, dwóch lub więcej terenach priorytetowych. Obciążenie rolników może być znaczne w związku z wymogiem podjęcia działań, które mogą zredukować plony i wydajność lub wymagać dodatkowych inwestycji kapitałowych, np. w nowy sprzęt. Postępy w określaniu celów redukcji ryzyka będą musiały być monitorowane i jeśli będą niewystarczające, możliwa jest konieczność wprowadzenia później dalszych narzędzi gwarantujących osiągnięcie celów i uniknięcie łamania prawa.
Opowiadając się za koniecznością kontynuacji skutecznej polityki ochrony środowiska, w tym gleb, Zarząd KRIR pragnie podkreślić, że projekt dyrektywy został przygotowany zanim wprowadzono takie instrumenty Wspólnej Polityki Rolnej jak zasada wzajemnej zgodności (cross-compliance) czy też wsparcie w ramach Programu Rozwoju Obszarów Wiejskich na lata 2007-2013. Te nowe instrumenty w dużym stopniu związane są z ochroną gleb rolniczychw Europie, a do ich wzmocnienia przyczyniły się również ostatnie decyzje polityczne na szczeblu unijnym zapadłe w trakcie przeglądu WPR na przełomie 2007 i 2008 roku (Health Check). Postępy legislacyjne z ostatnich lat te nie zostały jednak wzięte pod uwagę przy opracowywaniu instrumentów proponowanych w dyrektywie. W opinii Europejskiego Komitetu Ekonomiczno-Społecznego z dnia 25 kwietnia 2007 r. w sprawie wniosku dotyczącego omawianej dyrektywy czytamy m.in.: „Jako pierwszy przykład Komisja przytacza fakt, że m.in. nieodpowiednie metody stosowane w rolnictwie i leśnictwie mogą się przyczyniać do degradacji gleby. Gospodarka rolna i leśna, kierująca się dobrymi praktykami w zakresie uprawy, pomaga przecież w utrzymywaniu i poprawianiu jakości gleby.” Stwierdzenie takie, zwłaszcza wobec powyżej przytoczonych argumentów, nabiera tym większej mocy i powinno znaleźć stosowne odniesienie w konstruowanych przepisach w tym zakresie.
Debatując zatem nad kolejnymi obostrzeniami w zakresie ochrony gleb pamiętać należy również, ponownie zwracając uwagę na w/w stanowisko EKES, iż „(…)przy dzisiejszym stanie wiedzy normalne użytkowanie ziemi w rolnictwie może przyczyniać się raczej do ochrony gleby i poprawy jej jakości. Niewiele przedsiębiorstw, dokonując inwestycji i gospodarując gruntami, ma tak długookresową perspektywę jak rolnicy i leśnicy. To wyjątkowe uświadomienie rolników w odniesieniu do ochrony gleby należy poszerzać i wspierać poprzez systemy doradztwa oraz dobrowolne działania i zachęty.”