15 marca 2017 r. Zarząd Krajowej Rady Izb Rolniczych przekazał uwagi do poselskiego projektu ustawy o Polskim Instytucie Żywności. Zdaniem samorządu rolniczego projekt ustawy o Polskim Instytucie Żywności nie tworzy dobrej i efektywnej alternatywy dla aktualnie istniejącej struktury i zakresów merytorycznych instytutów badawczych nadzorowanych przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi. Proponowane rozwiązanie wydaje się, że nie spowoduje zmniejszenia kosztów działalności, a ze względu na lokalizacje placówek, które tworzyłyby Polski Instytut Żywności (PIŻ) w różnych regionach Polski, może spowodować ich wzrost.
Ponadto, istnieje obawa, że proponowane rozwiązanie poprzez rozproszenie może spowodować osłabienie wsparcia merytorycznego udzielanego przez instytuty naukowe MRiRW, a w istocie ograniczenie wpływów Ministerstwa na zakres badań Instytutu, pełniącego rolę wspomagającą dla rozwoju wsi i rolnictwa. Wydaje się, że może niekorzystnie wpłynąć na współpracę z doradztwem i praktyką. Współczesna specjalizacja Instytutów i stosowane metody badań nie przemawiają za tworzeniem jednostek o tak szerokim zakresie działalności. Proponowane rozwiązanie nie daje więc gwarancji dobrej współpracy pomiędzy instytutami badawczymi, koordynacji prowadzonej działalności, a praktyką.
Negatywnie ocenić należy pomysł włączenia problemów nasiennictwa i oceny odmian w tak szerokim zakresie do działalności PIŻ. Włączenie tak łączenie ważnego, ale specjalistycznego zakresu działalności COBORU do Instytutu o bardzo zróżnicowanych obszarach zainteresowań badawczych – może okazać się złym rozwiązaniem.
Utworzenie tak potężnej jednostki badawczej wydaje się niepotrzebnym przejawem centralizmu, globalizmu, powszechnej koncentracji. Może dać to oszczędności ekonomiczne dla budżetu państwa (w tym przypadku zakłada się 9 mln zł),lecz dla rolnictwa, długofalowo nie wydaje się dobrym rozwiązaniem. Powstanie potężna instytucja o dużej bezwładności z małym dostosowaniem do potrzeb rolnictwa, a przede wszystkim do regionalnej specyfiki i bioróżnorodności produkcji. Z 10 jednostek naukowych winno się utworzyć co najmniej trzy -cztery instytuty wiodące. Nie wydaje się zasadne połączenie Morskiego Instytutu Rybactwa z Instytutem Ogrodnictwa. W ramach obecnej struktury można byłoby wyznaczyć inne priorytety i zadania dla istniejących instytutów, dostosowane do obecnych potrzeb, wyzwań, oraz oczekiwań sektora rolniczego. Można byłoby także zaproponować inny system oceny punktowej za osiągnięcia i dorobek naukowy, oraz wdrożenia i wykorzystania w praktyce – o co wielokrotnie wnioskowali sami Dyrektorzy Instytutów.
