W odpowiedzi na przesłany dokument, w dniu 18 października 2016 r. samorząd rolniczy przedstawił uwagi do projektu ustawy o zmianie ustawy o płatnościach w ramach systemów wsparcia bezpośredniego.
Samorząd rolniczy zmniejszenie płatności związanych do bydła i krów do 20 sztuk zamiast jak dotychczas do 30 sztuk ocenił negatywnie. Samorząd zwrócił uwagę na bardzo trudną sytuacje na rynku bydła mlecznego i mleka, a zmniejszenie płatności może tylko pogłębić kryzys. Takie rozwiązanie spowoduje pogorszenie sytuacji większych gospodarstw. Nie ma natomiast pewności, iż przyczyni się do poprawy sytuacji gospodarstw, które posiadają małe hodowle. W związku z powyższym dopłaty powinny być już od 1 sztuki szczególnie w województwach Polski południowej. Bowiem np. w województwie małopolskim 52% bydła jest utrzymywane w stadach do trzech sztuk.
Samorząd rolniczy nie ocenił dobrze również likwidacji dopłat do malin wskazując, iż sytuacja na rynku wciąż się zmienia i nie można opierać się na okresowej poprawie i tendencji wzrostowej, która w każdej chwili może się zmienić.
Samorząd rolniczy zgłosił również zastrzeżenia, co do wycofania z płatności warzywnych roślin strączkowych na ziarno. Niezrozumiałe jest to, na jakiej podstawie dokonano wyboru roślin jako najważniejszych roślin strączkowych wysokobiałkowych.
Ograniczenie płatności do roślin pastewnych (paszowych) do 75 hektarów będzie niekorzystne. Większość rolników uprawia lucernę i koniczynę, jako paszę dla bydła, ponieważ są to rośliny o wysokiej zawartości białka. Ponadto w 2015 roku wprowadzono EFA, gdzie jest wymóg siewu roślin wiążących azot. Rolnicy są zobowiązani do dalszej uprawy do 2020 roku, a zakup nasion jest bardzo kosztowny. Wprowadzenie powyższej zmiany pozbawi wielu rolników części dodatkowej płatności za te rośliny.
Wobec przedstawionej powyżej argumentacji samorząd rolniczy nie mógł odnieść się pozytywnie do proponowanych zmian w powołanej ustawie. Wskazano, że ustawie brak informacji na temat terminów składania wniosków obszarowych. Zdaniem samorządu rolniczego okres ten powinien być wydłużony, tak jak w poprzednich latach, wówczas rolnicy będą mieli rozeznanie w jakich terminach siać. W projekcie ustawy nie ma również informacji dotyczącej przyspieszonych wypłat zaliczek. W ocenie samorządu rolniczego zaliczki te powinny być wypłacane pomimo kontroli agencyjnej, gdyż w przypadku niezgodności nadal istnieje możliwość pomniejszenia dopłaty.
Samorząd rolniczy pozytywnie ocenił jedynie zmiany dotyczące płatności związanej do zwierząt gatunków owca i koza domowa, spełniają one bowiem postulaty zgłaszane przez izby solennie od wielu lat.
