Kwestie dokonywania zmian w procedurach kontroli na miejscu dotyczących wsparcia bezpośredniego i z tytułu ONW, aby o kontroli rolnik był powiadamiany, są szczegółowo regulowane na podstawie wspólnotowych aktów prawnych. Powiadamianie o kontroli uzależnione jest od rodzaju przeprowadzanej kontroli oraz od faktu czy nie zagraża ono celowi kontroli. Rolnik jest zawsze powiadamiany o kontroli wówczas, gdy jego obecność jest niezbędna do przeprowadzenia przedmiotowej kontroli, dotyczy to m.in. kontroli realizowanych z tytułu działań nieinwestycyjnych PROW na lata 2007-2013, działań inwestycyjnych PROW na lata 2007-2013, wspólnej polityki rybackiej i rynku owoców i warzyw.
W przypadku kontroli w zakresie kwalifikowalności powierzchni, zgodnie z art. 27 ust. 1 rozporządzenia Komisji (WE) nr 1122/2009 (Dz. U. L 316 z 2.12.2009 z późn. zm.) „Kontrole na miejscu mogą być zapowiadane, jeżeli nie zagraża to celowi kontroli. Zapowiedzenie kontroli następuje z wyprzedzeniem ściśle ograniczonym do niezbędnego minimum, nieprzekraczającym 14 dni". Jednocześnie, zgodnie z art. 31 ust 4 Ustawy o płatnościach w ramach systemów wsparcia bezpośredniego (Dz. U. Nr 170 z 2008r. poz. 1051 z późn. zm.), „Czynności kontrolne mogą być wykonywane podczas nieobecności rolnika także wówczas, gdy rolnik został zawiadomiony o kontroli zgodnie z art. 27 ust. 1 rozporządzenia nr 1122/2009."
Na podkreślenie zasługuje fakt, że kontrole w zakresie kwalifikowalności powierzchni ograniczają się jedynie do kontroli w zakresie powierzchni działek rolnych i weryfikacji grupy upraw/uprawy na działce. Podczas tej kontroli nie ma konieczności wizyty w siedzibie gospodarstwa celem np. weryfikacji dokumentacji lub wymogów, w odniesieniu do których obecność rolnika jest niezbędna. Celem kontroli na miejscu nie jest również weryfikacja danych z ewidencji gruntów, czy ich ewentualna modyfikacja.
Bez względu na wynik kontroli w w/w zakresie (pozytywny lub negatywny) z każdej kontroli jest sporządzany w formie pisemnej raport w dwóch egzemplarzach, z których jeden otrzymuje podmiot kontrolowany (rolnik), a drugi zachowuje agencja płatnicza. W raporcie tym jest zamieszczona informacja, że w przypadku, gdy rolnik nie zgadza się z ustaleniami zawartymi w raporcie z kontroli zgodnie z art. 31 ust. 7 Ustawy o płatnościach w ramach systemów wsparcia bezpośredniego (Dz. U. Nr 170 z 2008r. poz. 1051 z poźn. zm.), może zgłosić umotywowane zastrzeżenia (w zakresie wartości stwierdzonej powierzchni działki lub stwierdzonej grupy upraw) na piśmie, co do ustaleń w nim zawartych Dyrektorowi Oddziału Regionalnego ARiMR w terminie 14 dni od dnia doręczenia raportu. Ponadto, w sytuacji, gdy rolnik nie został powiadomiony o kontroli, ale był obecny podczas realizacji czynności kontrolnych, również może zgłosić swoje zastrzeżenia bezpośrednio po zakończeniu kontroli. W raporcie z kontroli zamieszcza się uwagi osoby obecnej przy kontroli.
Mając na uwadze obowiązujące akty prawne, zdaniem resortu rolnictwa brak jest przestanek do zmiany realizowanych przez ARiMR procedur i instrukcji w zakresie zasad dotyczących powiadamiania rolnika o kontroli. Przede wszystkim należy podkreślić, iż rolnik zawsze może zgłosić swoje zastrzeżenia w stosunku do wyników kontroli, nawet wówczas gdy nie brał w niej udziału. W części przypadków, gdy rolnik uczestniczył w kontroli znajdują one już odzwierciedlenie w przesyłanej do niego drogą pocztową kopii raportu z kontroli na miejscu.
